RAISE
RAISE steht für RApid Index-based Screening Engine = Schnelle Index-basierte Screening-Maschinerie. Einer Dreiecksdescriptoren-Repräsentation von Liganden und Protein-Bindetaschen erlaubt hocheffizientes Screening von großen Datenmengen. Mit der cRAISE-Software wird der klassische Anwendungsfall von der Suche nach potentiellen Liganden für ein Protein abgedeckt. Die iRAISE-Software hingegen deckt den inversen Fall ab- die Suche nach potentiellen Proteintargets für ein kleines Molekül.
RAISESMARTSeditor
The SMARTSeditor is a graphic editing tool for generic chemical patterns. Based on the SMARTS language, chemical patterns can be created and edited interactively, similar to molecule editing in a chemical structure editor. The SMARTSeditor supports editing of given SMARTS or editing of chemical pattern without knowledge of the SMARTS language from scratch. It supports logic combinations as well as atom environment definitions. The generated pattern is converted into a SMARTS string which can be used in any application where the pattern is needed, e.g. for filtering of molecule databases.
SMARTSeditorPublikationen
- Bietz, S.; Schomburg, K. T.; Hilbig, M.; Rarey, M. (2015) Discriminative Chemical Patterns: Automatic and Interactive Design . Journal of Chemical Information and Modeling, 55(8):1535–1546.
- Schomburg, K., Wetzer, L., Rarey, M. (2013) Interactive design of generic chemical patterns . Drug Discovery Today, 13:1-8.